截止2014年，中山大学拥有4个国家重点实验室，1个国家工程研究中心，1个国家工程技术研究中心，以及“国家新药(抗肿瘤药物)临床试验”研究中心等国家级科研机构;拥有国家地方联合工程实验室6个;拥有10个教育部重点实验室以及5个教育部工程研究中心;拥有3个卫生部重点实验室以及1个卫生部工程技术研究中心。学校拥有29个广东省重点实验室，13个广东省工程技术研究开发中心，8个广东省工程实验室。
中山大学拥有6个教育部人文社会科学重点研究基地、8个广东省人文社会科学重点研究基地、1个国家汉办重点基地、1个广州市人文社会科学重点研究基地、1个珠海市人文社会科学重点研究基地，2个其他部委研究基地，已覆盖了部、省、市三级文科重点研究基地。
国家级科研机构| 光电材料与技术国家重点实验室 | 有害生物控制与资源利用国家重点实验室 |
| 眼科学国家重点实验室 | 华南肿瘤学国家重点实验室 |
| 水生经济动物繁殖营养与病害控制国家专业实验室 | 植物基因工程国家专业实验室 |
| 南海海洋生物技术国家工程研究中心 | 数字家庭国家工程技术研究中心 |
| 国家新药（抗肿瘤药物）临床试验研究中心 | 海洋生物功能基因组国家开放实验室 |
国家地方联合工程实验室| 数字家庭互动应用 | 半导体照明材料及器件 |
| 河口水利技术 | 物联网芯片与系统应用技术 |
| 临床医学分子诊断 | 新药成药性评估与评价 |
教育部重点科研机构| 聚合物复合材料及功能材料教育部重点实验室 | 生物无机与合成化学教育部重点实验室 |
| 基因工程教育部重点实验室 | 水产品安全教育部重点实验室 |
| 信息技术教育部重点实验室 | 机器智能与先进计算教育部重点实验室 |
| 眼科学教育部重点实验室 | 肿瘤学与抗肿瘤药物教育部重点实验室 |
| 热带病防治研究教育部重点实验室 | 干细胞与组织工程教育部重点实验室 |
| 南海海洋生物技术教育部工程研究中心 | 食品与安全教育部工程研究中心 |
| 数字家庭教育部工程研究中心 | 超级计算工程软件教育部工程研究中心 |
| 基因疫苗教育部工程研究中心 | 临床与转化医学国际联合实验室 |
教育部人文社科重点研究基地| 中国非物质文化遗产研究中心 | 历史人类学研究中心 |
| 逻辑与认知研究所 | 马克思主义哲学与中国现代化研究中心 |
| 中国公共管理研究中心 | 港澳珠三角研究中心 |
公安部重点实验室卫生部重点科研机构| 眼科学卫生部重点实验室 | 肾脏病临床研究卫生部重点实验室 |
| 辅助循环卫生部重点实验室 | 医药生物卫生部工程技术研究中心 |
