历史系是复旦大学历史最为悠久的系科之一。一代宗师，如周谷城、顾颉刚、周予同、姚名达、方豪、陈守实、邓广铭、蔡尚思，等等在此辛勤耕耘过。著名的语言学家陈望道、闻名遐迩的地理学家任美锷都先后担任过系主任。

1994年，复旦大学历史系被国家教委定为基础学科人才培养和科学研究基地。1998年，历史系成为国内5家获得历史学一级学科博士授予权的单位之一。1993年起，历史系新设旅游管理专业，招收本科生和硕士生，并被上海市旅游委员会授予“上海市高等院校旅游专业定点单位”。2000年9月，成立了以历史系为主体的复旦大学中外现代化进程研究中心。