南京大学最早在中国开展博士学位教育，设立了中国第一个大理科通才教育班、第一个大文科通才教育班。创建了中国第一个生物系、第一个气象系、第一个心理学系、第一个西洋文学系、第一个建筑系、第一个航空系、第一个体育科、第一个艺术科、第一个电影播音专修科、第一个农科、第一个林科、第一个现代地学系、第一个现代数学系、第一个国立大学医学院和新中国第一个综合性大学医学院、第一个履践型政治行政系、第一个履践型法学院、中国第一个商学院以及第一个工商管理、金融理财、会计、国际贸易系等等。其他许多学科，如文、史、哲、戏剧学、宗教学、人类学、社会学、化学、物理学、天文学、电子学、计算机科学、城市规划等等，都有深厚传统。

截止2014年2月28日，学校拥有专业硕士学位授权点21个，专业博士学位授权点1个，硕士学位授权一级学科18个，硕士学位授权二级学科点(不含一级学科覆盖点)9个，博士学位授权一级学科40个，博士学位授权二级学科点(不含一级学科覆盖点)3个，博士后流动站35个，国家级人才培养基地13个;有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，国家重点(培育)学科6个，江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科19个。