南京大学曾经首倡“教学法”，率先实行“学分制”和“选科制”。首开“女禁”，实行“男女同校”，引领中国风气之先。发起成立了中国最早的教师节。截至2013年1月，该校共拥有国家级双语示范课程6门、国家十一五精品教材17部、国家人才培养模式创新实验区5个，入选国家级大学生创新训练计划457项。

南京大学拥有国家基地班13个，位居全国高校第二。基地班覆盖了南京大学8个一级学科国家重点学科中的7个，均设有硕、博士点，配备院士、长江学者、杰青为主体的师资队伍，并依托国家重点学科和重点实验室教学科研优势实施重点培养。基地班出国率30%以上，保研率60%以上。

南京大学国家级特色专业