南京大学曾经首倡“教学法”，率先实行“学分制”和“选科制”。首开“女禁”，实行“男女同校”，引领中国风气之先。发起成立了中国最早的教师节。截至2013年1月，该校共拥有国家级双语示范课程6门、国家十一五精品教材17部、国家人才培养模式创新实验区5个，入选国家级大学生创新训练计划457项。
南京大学拥有国家基地班13个，位居全国高校第二。基地班覆盖了南京大学8个一级学科国家重点学科中的7个，均设有硕、博士点，配备院士、长江学者、杰青为主体的师资队伍，并依托国家重点学科和重点实验室教学科研优势实施重点培养。基地班出国率30%以上，保研率60%以上。
南京大学国家级特色专业
| 院系 | 专业名称 | 院系 | 专业名称 |
|---|---|---|---|
| 文学院 | 汉语言文学 | 地球科学与工程学院 | 地质学、水文与水资源工程 |
| 历史学系 | 历史学 | 软件学院 | 软件工程 |
| 哲学系 | 哲学 | 物理学院 | 物理学 |
| 新闻传播学院 | 新闻学 | 大气科学学院 | 大气科学 |
| 商学院 | 经济学、国际经济与贸易 | 化学化工学院 | 化学 |
| 政府管理学院 | 行政管理 | 生命科学学院 | 生物科学 |
| 数学系 | 数学与应用数学 | 环境学院 | 环境科学 |
| 天文与空间科学学院 | 天文学 | 医学院 | 临床医学 |
| 外国语学院 | 英国语言文学、法语 | ||
