截至2014年1月1日，上海交通大学有1个国家实验室(筹)，8个国家重点(级)实验室，5个国家工程研究中心，3个国家工程实验室，2个国家级研发中心，1个国防重点学科实验室，16个教育部重点实验室，4个卫生部重点实验室，1个农业部重点实验室，30个上海市重点实验室，5个教育部工程研究中心，6个上海市工程技术研究中心，1个国家社科基金决策咨询点，2个文化部文化产业研究基地，8个上海市理论创新基地、智库和经济社会发展研究工作室，3个世界卫生组织合作中心，1个国家技术转移中心和1个国家大学科技园。
| 国家实验室 | 船舶与海洋工程国家实验室（筹） |
| 国家重点实验室 | 微米/纳米加工技术国家级重点实验室海洋工程国家重点实验室机械系统与振动国家重点实验室金属基复合材料国家重点实验室区域光纤通信网与新型光通信系统国家重点实验室癌基因及相关基因国家重点实验室医学基因组学国家重点实验室 |
| 国家工程实验室 | 信息内容分析技术国家工程实验室汽车电子控制技术国家工程实验室 |
| 教育部重点实验室 | 人工结构及量子调控教育部重点实验室遗传发育与精神神经疾病教育部重点实验室“智能计算与智能系统”教育部-微软重点实验室（筹）系统控制与信息处理教育部重点实验室（筹）微生物代谢教育部重点实验室系统生物医学教育部重点实验室细胞分化与凋亡教育部重点实验室电力传输与功率变换控制教育部重点实验室功能基因组学和人类疾病相关基因研究教育部重点实验室薄膜与微细技术国家教育部重点实验室动力机械与工程教育部重点实验室 |
| 卫生部重点实验室 | 卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室卫生部内分泌代谢病重点实验室卫生部内科消化重点实验室卫生部人类基因组研究重点实验室 |
| 农业部重点实验室 | 农业部都市农业（南方）重点开放实验室（筹） |
| 上海市重点实验室 | 上海市胃肿瘤重点实验室上海市骨科内植物重点实验室上海市糖尿病重点实验室上海市激光制造与材料改性重点实验室上海市胰腺疾病重点实验室上海市网络化制造与企业信息化重点实验室上海市数字媒体处理与传输重点实验室上海市内分泌肿瘤重点实验室上海市环境与儿童健康重点实验室上海市发育生物学重点实验室上海市电气绝缘与热老化重点实验室上海市数字化汽车车身工程重点实验室上海市口腔医学重点实验室上海市信息安全综合管理技术研究重点实验室（联合格尔）上海市血管生物学重点实验室上海市眼底病重点实验室上海市组织工程研究重点实验室上海市中西医结合防治骨与关节病损重点实验室上海市生殖医学重点实验室上海市人类基因组研究重点实验室上海市兽医生物技术重点实验室上海市胚胎与生殖工程重点实验室 |
| 其它实验室 | 物理实验室中心、分析测试中心、工程训练中心、工程力学实验中心、电工及电子实验中心、制冷及低温工程研究所、水下工程实验室、涡轮机实验室、内燃机实验室、动力装置试验室、热工及热力工程试验室、制冷工程试验室、核动力工程试验室、图像工程试验室、大规模集成电路研究中心试验室、工业电气自动化试验室 、自动控制理论试验室、通信试验室、信号处理和微波技术试验室、无线电技术试验室、微电子电路与系统试验室、计算机科学技术实验室、惯性技术与测试系统实验室、检测技术及仪器实验室、精密仪器试验室、电力系统及其自动化实验室、能源工程系实验中心、电机实验室、高电压技术实验室、应用电子技术实验室、上海交大—罗克韦尔自动化实验室、电工及电子技术实验中心、金属材料实验室、金属材料强度实验室。 |
