1、报考方式不同
全日制研究生和非全日制研究生的报考方式其实是一样的，都是要参加全国统一的研究生入学考试和院校复试，最后被择优录取。而同等学力申硕在职研究生，是不需要参加入学考试的，只需要通过资料审核就可以入校学习。因此，无论是报考全日制还是非全日制研究生的人员都需要花时间精力去备考，而同等学力申硕的学员可免去这一环节。
2、学习方式不同
全日制研究生的学习方式均为面授，学员必须利用周一至周五的时间去院校进行学习。在职研究的学员可通过周末、五一节、国庆节、寒暑假等业余时间进行学习，有的院校，例如首都经济贸易大学、中国社会科学院研究生院、中国政法大学等还可以利用网络授课。因此，我们可以得知全日制研究生上课时间与工作时间是重合的，在职人员只能二选一，但在职研究生的授课是完全不会耽误上班时间的，十分方便。
3、证书不同
全日制研究生和非全日制研究生毕业都可获得硕士学历学位证书，同等学力申硕毕业后可获得硕士学位证书。需要强调的是，全日制研究生和在职研究生的证书是具备同等法律地位和效力的，在体制内都是可以用来评职称、涨工资的。
二者待遇是否相同？
前面我们说到二者的证书都是可以用来评职称、涨工资的，其实学历在体制内的作用大概可以总结为3点：敲门砖、评职称、晋升。
近几年，越来越多国家企事业单位明确为不同教育形式的研究生提供同等的就业机会，所以不管是全日制还是在职研究生，只要获得更高的学历，在就业时都是一块敲门砖，特别是很多体制内的岗位，对人员的学历都是有硬性要求的。
其次就是评职称。不管是全日制的证书还是在职研的证书，在体制内评职称时，都是有效的。职称越高，薪资待遇也会越高。
最后就是晋升。获得更高的学历学位肯定是有助于个人晋升的，但获得全日制学历学位证书还是在职学位学历证书，并不是你晋升的决定性因素（个别有明确要求的岗位除外）。不管是在体制内还是体制外，学历只能是提高你晋升的几率，而不是直接帮你晋升。
总的来说，只要你获得学历学位证书，在体制内的待遇相差不大。想要晋升的人员在提升学历时也得提升个人工作能力。
另外，体制内的在职人员，若是想要报考全日制研究生，是需要辞职去读研的，但在职研究生可以边工作边读研，做到工作和学习都兼顾，是一种性价比更高、更保险的方式。
