截止2013年12月，中山大学有42个博士学位授权一级学科、52个硕士学位授权一级学科，2个博士专业学位，25个硕士专业学位，博士后科研流动站39个，一级学科国家重点学科2个、二级学科国家重点学科23个，国家重点培育学科6个。在教育部学位与研究生教育发展中心于2012年组织开展的第三轮全国学科水平评估中，学校有16个学科进入前5，32个学科进入前10。
中山大学一级国家重点学科：
生物学、工商管理
中山大学二级国家重点学科：
逻辑学、马克思主义哲学、人类学、思想政治教育、中国古代文学英语语言文学中国古代史中国近现代史、基础数学、凝聚态物理、无机化学、高分子化学与物理、人文地理学、药理学、内科学(内分泌与代谢病)、内科学(肾病)、神经病学外科学(普外)、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学卫生毒理学行政管理、
中山大学二级国家重点(培育)学科：
中国哲学、社会学、马克思主义基本原理、光学地图学与地理信息系统、病原生物学
