该校拥有国家重点实验室4个(其中联合2个)、教育部重点实验室9个、北京市重点实验室10个、教育部工程研究中心5个、北京市工程中心2个、教育部人文社会科学重点研究基地7个。定期出版专业刊物16种。
同时，该校拥有国家文科基础学科人才培养和科学研究基地2个、国家理科基础科学研究和教学人才培养基地5个，教育部人才培养模式创新实验区5个，国家级实验教学示范中心3个。其中，国家生命科学与技术人才培养基地、国家对外汉语教学人才培养基地，是国家大学生文化素质教育基地。
研究院、所、中心
| 全球变化与地球系统科学研究院 | 中国社会管理研究院 | 人文宗教高等研究院 |
| 刑事法律科学研究院 | 首都基础教育研究院 | 脑与认知科学研究院 |
| 水科学研究院 | 医学研究院 | 中文信息处理研究所 |
| 经济与资源管理研究院 | 农村教育与农村发展研究院 | 高等教育研究所 |
| 减灾与应急管理研究院 | 国家教育考试评价研究院 | 教育部基础教育质量监测中心 |
| 北京文化发展研究院 | 数学与数学教育研究所 | 分析测试中心 |
| 首都教育经济研究院 | 古籍与传统文化研究院 | 基础教育课程研究中心 |
| 民俗典籍文字研究中心 | 文艺学研究中心 | 北京京师文化创意产业研究院 |
| 中国文化国际传播研究院 | 出版科学研究院 | 中国教育政策研究院 |
| 国民核算研究院 | 汉语国际推广新师资培养基地 | 北京师范大学纪录片中心 |
| 国家手语和盲文研究中心 | 麦戈文脑研究院 | 北京师范大学中国易学文化研究院 |
| 国际写作中心 |
| 重点研究基地 | |||
|---|---|---|---|
| 教育部人文社会科学重点研究基地 | 北京文化发展研究院 | 比较教育研究院 | |
| 发展心理研究所 | 文艺学研究中心 | ||
| 民俗典籍文字研究中心 | 史学理论与史学史研究中心 | ||
| 价值与文化研究中心 | 教师教育研究中心 | ||
| 北京市哲学社会科学重点研究基地 | 北京市哲学社会科学重点研究基地 | ||
| 重点实验室 | |||
| 国家重点实验室 | 遥感科学国家重点实验室 | 认知神经科学与学习国家重点实验室 | |
| 环境模拟与污染控制国家重点实验室 | 地表过程与资源生态国家重点实验室 | ||
| 教育部重点实验室 | 环境演变与自然灾害实验室 | 细胞增殖及调控生物学实验室 | |
| 生物多样性与生态工程实验室 | 射线束技术与材料改性实验室 | ||
| 水沙科学教育部重点实验室 | 放射性药物实验室 | ||
| 数学与复杂系统教育部重点实验室 | 理论及计算光化学教育部重点实验室 | ||
| 移动学习教育部-中国移动联合实验室 | 教育部网上合作中心 | ||
| 脑科学与认知科学中心 | 教育部工程研究中心 | ||
| 天然药物工程中心 | 防沙治沙 | 虚拟现实应用 | |
| 数字学习与教育公共服务 | 地下水污染控制与修复 | ||
| 北京市重点实验室 | 实验心理学实验室 | 环境遥感与数字城市实验室 | |
| 应用光学实验室 | 中药资源保护与利用实验室 | ||
| 基因工程药物及生物技术实验室 | 教育技术学实验室 | ||
| 抗性基因资源与分子发育北京市重点实验室 | 能量转换与存储材料北京市重点实验室 | ||
| 城市绿色发展科技战略研究北京市重点实验室 | |||
| 北京市工程中心 | 北京市防沙治沙工程技术中心 | 生态服务产业规划与设计北京高等学校工程研究中心 | |
| 教育部研究院 | 蛋白质组学研究院 | ||
