南京大学拥有丰富的教学和科研设施、设备，例如，南京大学植物标本室、国家遗传工程小鼠资源库、南京大学天文台、南京大学太阳塔、南京大学气象台等。
自然科学
南京大学国家级、教育部科研机构一览
| 国家实验室 | ||
| 南京微结构国家实验室（筹） | ||
| 国家重点实验室 | ||
| 固体微结构物理国家重点实验室 | 计算机软件新技术国家重点实验室 | 现代配位化学国家重点实验室 |
| 医药生物技术国家重点实验室 | 内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室 | |
| 生命分析化学国家重点实验室 | 污染控制与资源化研究国家重点实验室（与同济大学合建） | |
| 注：计算机软件新技术国家重点实验室是全国计算机类唯一优秀国家重点实验室 。 | ||
| 教育部重点实验室 | ||
| 海岸与海岛开发教育部重点实验室 | 中尺度灾害性天气教育部重点实验室 | 介观化学教育部重点实验室 |
| 近代声学教育部重点实验室 | 现代天文与天体物理教育部重点实验室 | 模式动物与疾病研究教育部重点实验室 |
| 表生地球化学教育部重点实验室 | 高性能高分子材料与技术教育部重点实验室（B类） | |
| 国家工程技术研究中心 | ||
| 国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心 | ||
| 国家发展改革委国家地方联合工程研究中心 | ||
| 半导体节能器件及材料国家地方联合工程研究中心 | ||
| 教育部工程中心 | ||
| 蛋白质与多肽新药工程中心 | 水处理与水环境修复教育部工程研究中心 | |
| 环境保护部工程技术研究中心 | ||
| 国家环境保护有机化工废水处理与资源化工程技术研究中心 | ||
人文社科
南京大学国家级人文社会科研机构
| "2011计划"协同创新中心 | ||
| 中国南海研究协同创新中心 | 人工微结构科学与技术协同创新中心 | |
| “985工程”哲学社会科学创新基地 | ||
| 南京大学汉语言文学与民族认同研究中心 | 南京大学经济转型和发展研究中心 | 当代资本主义研究中心 |
| 南京大学宗教与文化研究中心 | 南京大学经济全球化与国际关系研究中心 | 中国社会科学研究评价中心[50] |
| 文科全国性学术社团 | ||
| 中国太平天国史研究会 | 中国元史研究会 | 全国美国文学研究会 |
| 中国非洲问题研究会 | 中国新四军和华中抗日根据地研究会 | |
| 教育部人文社会科学重点研究基地 | ||
| 南京大学中华民国史研究中心 | 南京大学长江三角洲经济社会发展研究中心 | 南京大学马克思主义社会理论研究中心 |
| 南京大学中国新文学研究中心 | ||
| 社会科学实验室 | ||
| 南京大学社会语言学实验室 | 南京大学社会科学计算实验中心 | |
| 省部共建基地 | ||
| 南京大学国家信息资源管理南京研究基地 | 南京大学国家文化产业研究中心 | 南京大学中国语言战略研究中心 |
| 江苏社会风险与管理研究中心 | 江苏省城市现代化研究中心 | 南京大学当代外国文学与文化研究中心 |
| 公共事务与地方治理研究中心 | 南京大学儒佛道与中国传统文化研究中心 | 南京大学政府新闻学研究所 |
| 南京大屠杀史研究所 | ||
| 戏剧影视研究所、拉贝国际和平与冲突化解研究交流中心、中德法学研究所等其他机构介参见南大官网 | ||
